לפי החוק בישראל המתייחס לנושא בדיקת האבהות (חוק מידע גנטי), ישנם מצבים רבים שבהם ניתן לבצע בדיקת אבהות בישראל, אך כל עוד המקרה לא מתאים לאחד מהמצבים הקבועים בחוק, לא ניתן יהיה לבצע את הבדיקה בישראל. זאת כיוון שבמקרה שבו בעקבות המידע שיתקבל בבדיקה יתברר כי הילד נולד מזרעו של גבר שאמו לא הייתה נשואה לו, בזמן שהייתה נשואה לגבר אחר, הרי שהצאצא ייחשב לפי ההלכה לממזר.
אדם המוגדר כממזר לפי ההלכה היהודית לא יוכל להתחתן ברבנות ומאחר והממזרות עוברת במשפחה, הרי שגם צאצאיו וצאצאי צאצאיו לא יורשו להתחתן ברבנות. לפיכך אם לדוגמה גבר נשוי מגיש בקשה מסודרת לבדיקת אבהות, כיוון שהוא חושד שהילד שהוא מגדל נולד מזרעו של אדם אחר מחוץ לנישואין, רוב הסיכויים שבית המשפט לא יאשר זאת.
במקרים מעין אלו הבדיקה תתבצע רק אם קיימת סכנת חיים או אם הילד או אביו צריכים לעבור טיפול רפואי חיוני המחייב ביצוע של בדיקת התאמת רקמות, כמו לדוגמה השתלת איברים. במקרה הזה, גם אם ישנו סיכוי שבסיום התהליך הילד יוגדר כממזר, עדיין ניתן יהיה לבצע את הבדיקה באופן חוקי.